Entre la verrue et le naevus se trouve le kyste, qui parfois prend les caractéristiques de l'un et de l'autre. Il s'agit généralement de rétention de sébum sous la couche épidermique. La consistance est pâteuse, molle. Le traitement consiste à inciser pour vider, puis à cautériser.
Les loupes, qu'on trouve sur le cuir chevelu, sont aussi des kystes. On les enlève sous anesthésie locale pour éviter la récidive. Si toute la poche n'est pas vidée, on risque en effet de voir revenir la loupe.
Les grains de milium sont de tout petits kystes épidermoïdes qui se manifestent sur les zones de peau exposées au soleil, sur les cicatrices, chez le nourrisson. On les fait disparaître par une petite incision au scalpel.

Les kystes mucoïdes se rencontrent sur le dos des doigts, dans le lobe de l'oreille.
Le pseudo-kyste se rencontre souvent près de l'articulation d'une phalange. Il est dépressif, légèrement inflammatoire. Ouvert, il libère un liquide visqueux mucoïde.
Le kyste synovial se forme en aplomb d'une articulation. C'est une rétention du liquide intra-articulaire.